Según historiadores, el papel de la Iglesia Católica en la época fundacional fue importante, sobre todo en materia de educación. Y fue después del 13 de junio de 1562, que las órdenes religiosas comenzaron a asentarse en la provincia. Pero la única que sobrevivió al paso del tiempo fue la de los Dominicos. Mientras que los Mercedarios, los Agustinos y los Jesuitas desaparecieron.

Hace casi 500 años, en la provincia había 4 órdenes religiosas. Con el tiempo desaparecieron 3.

Según consta en el plano original de San Juan cada orden recibió una manzana. Los Dominicos, los primeros que llegaron, crearon su convento en Concepción, en 1590. Pero tras el traslado de la ciudad, por una inundación en 1593, se asentaron en la actual cuadra de Libertador y Entre Ríos. En cuanto a la educación, crearon en 1732 una casa de estudios para niños. Los Mercedarios fueron los principales evangelizadores de San Juan y los primeros en emprender la tarea de educar al pueblo. Por eso, en 1655 se instaló en San Juan la Escuela de Primeras Letras. En tanto, los Agustinos, que fundaron su convento en 1641, se destacaron por ser grandes misioneros, sobre todo en la zona de Calingasta, Pismanta, Jáchal y Valle Fértil.

Mientras que los Jesuitas llegaron en 1655 y luego se fueron. Pero volvieron en 1712 y fueron expulsados en 1767. Se destacaron en la producción de vinos y aguardientes.