Desde su fundación y hasta 1776 San Juan pertenecía al Corregimiento de Cuyo, que dependía de la Gobernación de Chile y ésta, a su vez del Virreinato del Perú.

En el Corregimiento de Cuyo la máxima autoridad era el Corregidor y Justicia Mayor, instalado en Mendoza. En San Juan la autoridad era el Teniente Corregidor. En agosto de 1776 fue creado el Virreinato del Río de la Plata y entonces Cuyo pasó a depender de la Gobernación Intendencia de Córdoba.

En 1782 desapareció el Corregimiento de Cuyo y la región fue dividida en tres Comandancias, gobernadas por un Comandante de Armas.

Esta fue la forma de gobierno hasta 1810. San Juan, al igual que todas las ciudades, tenía un Cabildo, que era la institución que regía la vida diaria de los habitantes. Estaba integrado por vecinos que debían saber leer y escribir y tener un oficio honesto.

El Cabildo resolvía cuestiones judiciales en los ámbitos civil, comercial y criminal; en lo político podía dictar ordenanzas, defender los derechos de los vecinos o reemplazar a los gobernantes, y entre las funciones administrativas, se ocupaba de la instrucción de los niños, el funcionamiento de hospitales y autorizaba gastos para realizar trabajos para el mejoramiento de la ciudad.